遺傳檢測101
基因檢測方法學 Part 1：傳統PCR與即時定量PCR
如果想知道是否具有一個已知的DNA變異，最直接的做法之一，就是把那一小段DNA「放大」後進行分析。為達目的，聚合酶連鎖反應（polymerase chain reaction, PCR）是當前最廣泛使用、方便且快速的技術。
PCR的放大以2的對數（2N）增加。每多一次PCR反應，目標DNA片段的數量就會翻倍；經過多次循環，原本微量的目標DNA便能被大量複製（舉例：30次PCR反應後就會有2的30次方數量的DNA片段，也就是10億）。若是傳統PCR，在反應完成後，會利用膠體電泳（gel electrophoresis）觀察DNA片段的大小與有無。若增幅產物的大小符合預期，便會進一步利用限制酶切割或桑格氏定序的方法確認基因型別。
另一項常見技術是即時定量PCR（real-time quantitative PCR, qPCR）。它與傳統PCR最大的差異，是在DNA擴增的同時利用螢光訊號即時追蹤產物的增幅狀況。當目的為基因型別判定（genotyping），qPCR會使用針對兩種等位基因（如分別針對正常與變異）所設計帶有不同螢光訊號的探針（probe）進行基因型的區別。檢測人員可以根據樣本出現哪一種訊號，判別個體是兩份正常等位基因、異型合子，或兩份變異等位基因。至於定量是怎麼一回事呢？當樣品的起始目標DNA越多，螢光訊號會越早超過設定的閾值（threshold），即判讀門檻，而超過閾值當下的PCR循環數會以Cq或Ct值表示。疫情期間常聽到防疫指揮官提的Ct值，就是利用qPCR進行新冠病毒核酸定量所得到的。
PCR最大的特色是專一性高。只要知道目標區域的序列，就能以相對簡單且低成本的方式檢測大量樣本。不過，它通常只能檢查「已知」的區域，如果疾病是由未知的變異造成，目標PCR結果正常並不代表整個基因都沒有問題。
結論以上說明：不論傳統PCR或qPCR，檢測前都必須先知道自己要看什麼。它們非常適合檢測已知的變異，但難以用來探索未知的變異（不是不能做，但那已經是上世紀耗錢耗時又耗力的做法囉）。如果問題要從「這個位點是什麼？」擴大為「整個基因組有哪些差異？」，就需要使用其他篇介紹的微晶片與大規模定序技術。